1、殺菌效果：由于立式殺菌鍋利用蒸汽對食品進行殺菌處理，因此溫度和壓力相對穩定，進一步保障了殺菌的效果。而臥式殺菌鍋由于加熱方式和管道結構的不同，溫度和壓力可能會存在波動。

2、操作便捷性：由于立式殺菌鍋的結構簡單，操作便捷，適合小型企業和個體戶使用。而臥式殺菌鍋的結構相對復雜，需要進行更多的操作和調試，適合中大型企業使用。

3、節能環保性：由于立式殺菌鍋利用U型管或管線圈進行蒸汽傳導，因此能耗和能源利用效率相對較高，更加節能環保。而臥式殺菌鍋雖然采用了熱交換器方式進行加熱，但由于結構相對復雜，熱損失和能耗也相對較大。

綜上所述，立式殺菌鍋和臥式殺菌鍋在結構、殺菌效果、操作便捷性、節能環保性等方面存在差異。在選擇使用時，應該根據實際情況進行綜合考慮，選擇最適合自己的殺菌鍋。