設備運行一段時間后鍋內可能會產生水垢或生銹，影響殺菌效果，導致殺菌不完全，一般每三個月要清洗一次，如水質硬度較高，使用頻率每天超過8小時，則每月應清洗一次。

    水垢為鈣、鎂離子caco3,mgco3為堿性物質，一般用酸進行清洗，請注意不要用鹽酸，因氯離子會腐蝕對不銹鋼304、316等，以前一般均采用硝酸但要考慮安全與環保的問題，現在鍋爐行業都采用緩蝕性緩沖液除垢劑，為多種混合化學配制，對金屬的腐蝕性較低，每個城市都能買到，價格也不貴，除垢的效果不錯，唯除垢時間比較長，不及酸性除垢那么快，但對金屬的腐蝕性很低，為此建議用草酸。

清洗方法:①清洗采用手控狀態。如鍋體油污較多，其方法為先用1~2%的燒堿(氫氧化鈉溶液) 75°~80°循環15~30分鐘。再用清水循環5分鐘。②用1~3%草酸溶液在80°~85°循環40~60分鐘，用水循環5分鐘。③洗滌液濃度與時間根據污染油污及水垢程度調節。④對殺菌鍋上容易結垢的零部件如全水式殺菌鍋的汽水混合器、蒸汽及冷卻水管道過濾器濾芯或過濾網，因其結垢的可能性最大因此清洗后最好拆下再檢查清理一次或要定期更換。⑤如鍋體油污較少，則可直接用酸性洗滌劑。