殺菌原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但是如果溫度太高，細菌就會死亡。不同細菌具有不同的適宜生長溫度、耐熱性和抗寒性。其實，巴斯德消毒是利用病菌不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，就會全部殺滅。然而，巴氏殺菌后，少量無害或有益的細菌或細菌孢子被保留下來。巴斯德殺菌法是巴斯德努力解決啤酒釀造后酸味變化問題的結果。

    當時，法國的釀酒業面臨著一個頭疼的問題，那就是啤酒釀造后會變酸，根本不能喝。而這種酸性變化現象時有發生。巴斯德受邀研究這個問題。經過長時間的觀察，他發現乳酸菌是使啤酒變酸的罪魁禍首。"有營養的啤酒是乳酸菌的天堂。簡單煮沸可以殺死乳酸菌，但啤酒是煮熟的。"巴斯德試圖在不同的溫度下殺死乳酸菌而不破壞啤酒本身。在此之后，巴斯德的研究結果表明，在50攝氏度的溫度下加熱半小時，可以殺死啤酒中的乳酸菌和孢子，而不必煮沸。"這種方法拯救了法國的葡萄酒產業。這種消毒方法也稱為"巴氏消毒法"。

    今天使用的巴氏殺菌程序有很多種。長時間低溫"(LTLT)處理是一個間歇性的過程。高溫短時處理(HTST)是一種"流動"工藝，通常在板式換熱器中進行，目前在飲用水生產中得到了廣泛的應用。用這種方法得到的產品并不是無菌的，即它們仍然含有微生物，在儲存和處理過程中需要冷藏。快速巴氏殺菌"主要用于酸奶乳制品的生產。世界上有兩種主要的高溫消毒方法：

    一是將牛奶加熱到62攝氏度，保存30分鐘，這種方法可以殺死牛奶中的各種生長致病菌，殺菌效率可達97.3%≤99.9%，消毒后只有部分嗜熱菌、耐熱菌和孢子殘留，但這些細菌大多是乳酸菌，不僅無害，而且對人類有益。

    第二種方法是將牛奶加熱至75℃90℃，保溫15×16秒，殺菌時間短，工作效率高，但殺菌的基本原理是殺滅病原體，過高的溫度會造成更多的營養損失。